Dzieje naszej parafii wiążą się ściśle z dziejami klasztoru OO. Bernardynów oraz ściągającej tu rzeszy pątników, którzy przez wieki pielgrzymowali i wciąż pielgrzymują do Cudownego Obrazu Matki Bożej Kalwaryjskiej i dla rozmyślania Męki Pańskiej na „dróżkach”, gdzie w pięćdziesięciu dwóch kaplicach oddają chwałę Bogu, cześć Najświętszej Maryi Pannie i wypraszają liczne łaski, i cuda dla siebie, i bliskich. W czasach piastowskich przechodziła tu potokiem Cedron granica między Ziemią Krakowską, a Śląskiem. Tędy przebiegał też szlak kupiecki z Węgier na Śląsk i do Krakowa. Wówczas nad bezpieczeństwem kupców czuwał Kasztelan Krakowski, mający zamek w Lanckoronie.

W wieku XVII był nim Mikołaj Zebrzydowski, który wraz ze swoją małżonką Dorotą był fundatorem klasztoru w Kalwarii Zebrzydowskiej i „dróżek”. W 1617 roku założył onw pobliżu swej wsi Zebrzydowice, maleńkie miasto (obszar zaledwie 5,15 km2) nazwane Zebrzydowem, w celu pomieszczenia i wyżywienia wielkich rzesz pątników, przybywających tu na liczne odpusty.

Miasteczko rozciągało się pierwotnie wzdłuż ulicy prowadzącej do klasztoru. Dopiero po wielkim pożarze w 1715 roku, rozszerzyło się dzięki zbudowanej tu stacji solnej dla soliny z Bochni, które stąd, licznymi zaprzęgami koni, były transportowane do Austrii. W tej rozbudowie pomyślano o zbudowaniu kościoła św. Józefa, co wkrótce stało się faktem. Służbę Bożą dla przyjezdnych starców i dzieci pełnili w tym kościele ojcowie Bernardyni. Kościół ten jednak – jak większość budynków – spłonął w czasie walki Konfederatów Barskich.

Na miejsce spalonego kościoła św. Józefa, w krytycznym roku rozbioru 1773, stanęła na rynku maleńka kapliczka ochraniająca wodę, ku czci św. Jana Nepomucena.

Myślano o budowie kościoła, ale częste epidemie nawiedzające Kalwarię, (tak nazywało się według patentów austriackich, miasteczko) uniemożliwiały ten zbożny zamiar. W 1887 roku, kiedy na Stolicy Biskupiej zasiadał Leon XIII, a Arcybiskupem Krakowa był Albin kard. Dunajewski, w roku koronacji obrazu Najświętszej Maryi Panny Kalwaryjskiej z inicjatywy Rady Miejskiej na czele z ówczesnym burmistrzem Józefem Kosowskim zawiązał się Komitet Budowy kościoła św. Józefa, który rozpoczął zbiórkę pieniędzy od 1120 mieszkańców oraz od pątników.

W tym samym roku uczyniono plany przyszłego kościoła. 28.05.1902 roku otrzymano zezwolenie władz centralnych na rozpoczęcie budowy. 17 czerwca 1902 roku rozpoczęto kopanie fundamentów, natomiast 29 lipca 1902 roku wmurowano kamień węgielny. Budowa trwała 6 lat i w dzień św. Józefa 19.03.1908 roku dokonano poświęcenia świątyni kalwaryjskiej. Poświęcenia dokonał proboszcz parafii św. Michała Archanioła w Zebrzydowicach (parafia macierzysta) ks. Józef Nieć. Kościół umieszczono przy drodze głównej prowadzącej z Krakowa do Wadowic i Bielska-Białej (dzisiaj droga krajowa) i centralnym miejscu miasta Kalwaria Zebrzydowska na tzw. Rynku.

Służbę duszpasterską pełnili tutaj księża wikariusze dojeżdżający z macierzystej parafii Zebrzydowice. W roku 1911 został zamianowany pierwszy katecheta szkolny z rezydencją w Kalwarii Zebrzydowskiej – ks. Roman Stojanowski. W 1916 roku został on przeniesiony, a na jego miejsce został zamianowany ks. Józef Sidełko, który pełnił funkcję administratora kościoła i punktu duszpasterskiego aż do czasu zakończenia II Wojny Światowej. Za jego czasów został wydany dekret erygowania parafii przez J. E ks. kard. Adama Stefana Sapiehy datowany na 1 września 1933 roku. Oryginał znajduje się w kancelarii parafialnej, natomiast treść dekretu została przetłumaczona na język polski i zapisana w kronice parafialnej. Warto zaznaczyć, że dokument był utajniony przez ówczesnego proboszcza parafii św. Michała Archanioła ks. Józefa Niecia w Zebrzydowicach i został odtajniony dopiero w roku 1942.

W dniu 11 października 1942 roku rozpoczyna się właściwa historia nowo powstałej parafii św. Józefa w Kalwarii Zebrzydowskiej. Pierwszym proboszczem został dotychczasowy administrator ks. Józef Sidełko. Jego następcą był ks. Józef Zwardoń. Należy zaznaczyć, że po zakończeniu II Wojny Światowej proboszczem parafii został ks. kan. Stanisław Szlachta, późniejszy Dziekan Dekanatu Kalwaryjskiego, który pełnił ten urząd w latach 1945 – 1980.